Historia Instytutu Archeologii jest krótka, bowiem powstał on w 1999 roku w Wyższej Szkole Pedagogicznej w Rzeszowie. Jego ojcami założycielami byli prof. dr hab. Michał Parczewskiego i prof. dr hab. Jan Machnik, przedstawiciele krakowskiego środowiska archeologicznego oraz prof. dr hab. Sylwester Czopek, ówczesny Dyrektor Muzeum Okręgowego w Rzeszowie. Przyświecał im bardzo jasny cel: stworzyć placówkę naukową, w południowo-wschodniej Polsce, która integrowałaby badania nad środkowoeuropejskim i bałkańsko-nadczarnomorskim pograniczem kulturowym oraz kształciła młodych adeptów archeologii. W roku 2001 na bazie Wyższej Szkoły Pedagogicznej powstał Uniwersytet w Rzeszowie. Wtedy też Instytut Archeologii uzyskał uprawnienia do prowadzenia studiów magisterskich, a już w roku 2005 natomiast uprawnienia do prowadzenia studiów doktoranckich. Szczególnie ważnym wydarzeniem historii Instytutu Archeologii było otrzymanie w 2010 przez radę Wydziału Socjologiczno-Historycznego UR uprawnień do nadawania stopnia doktora habilitowanego w dziedzinie nauk humanistycznych w dyscyplinie naukowej: archeologia. Od tego momentu Instytut Archeologii w Rzeszowie należy do prestiżowych placówek naukowych spełniających takie kryteria. Otrzymanie uprawnień do nadawania stopnia doktora habilitowanego zbiegło się z jubileuszem 80-lecia profesora Jana Machnika, jednego z założycieli tej instytucji, uroczyście obchodzonym w Rzeszowie. Stało się ono symbolicznym ukoronowaniem pracy profesora Jana Machnika na rzecz uwypuklenia badań nad problematyką lessów podkarpackich.
Tak prężny rozwój Instytutu Archeologii w Rzeszowie był możliwy dzięki konsekwentnej polityce kadrowej realizowanej przez profesora dr hab. Sylwestra Czopka wieloletniego dyrektora Instytutu Archeologii UR i jego następców prof. dr hab. Sławomira Kadrowa, dr hab. Prof. UR Zbigniewa Pianowskiego i dr hab. Prof. UR Andrzeja Pelisiaka. Kadrę naukową tej placówki tworzą przedstawiciele różnych szkół archeologicznych. Pracują tu przedstawiciele środowiska krakowskiego (profesorowie: Michał Parczewski, Sławomir Kadrow, Zbigniew Pianowski, dr Marta Połtowicz Bobak, dr Tomasz Bochnak, dr Maciej Karwowski i Marcin Wołoszyn), łódzkiego (profesorowie Andrzej Pelisiak, Małgorzata Rybicka), lubelskiego (Andrzej Rozwałka) i Lwowskiego (Aleksander Sytnik) oraz Diana Gergowa z Warny w Bułgarii, a także rzeszowskiej szkoły archeologicznej. Twórcą tej ostatniej jest profesor Sylwester Czopek. Kadrę Instytutu tworzą również jego wychowankowie dr Katarzyna Trybała i osoby, które otrzymały tu tytuł doktora (dr Agnieszka Reszczyńska).
W krótkiej historii tej placówki wypromowano 5 doktorów oraz w 20011 roku dr Anna Zakościelna z UMCS otrzymała stopień doktora habilitowanego w zakresie nauk humanistycznych, w specjalności archeologia.